Die Intensivierung der Beziehungen zwischen Deutschland und Japan machen sich auch im Bildungswesen bemerkbar. Unterrichteten im Jahr 1993 lediglich 34 Gymnasien ihre Schüler in der Sprache Japanisch, so existieren derzeit rund 50 Schulen, die diese Möglichkeit bieten. Des Weiteren sorgen in Deutschland rund 50 deutsch-japanische Gesellschaften für einen regen Austausch zwischen den beiden Ländern. Sowohl für deutsche wie auch für japanische Schüler und Jugendliche existieren sehr viele Chancen, den Schulrucksack zu packen und die Kultur des jeweils anderen Landes kennen zu lernen. So wird zum Beispiel auf eine Initiative der deutschen und japanischen Regierungen hin bereits seit über zehn Jahren ein bilaterales Visum speziell für einen Ferienarbeitsaufenthalt in dem jeweils anderen Land ausgestellt. Das so genannte Working Holiday Visa richtet sich an alleinreisende junge Menschen im Alter von 18 bis 30 Jahren, die sich durch eine Erwerbstätigkeit ihren Japanaufenthalt finanzieren. Das Working Holiday Visa berechtigt zu einem einjährigen Japanaufenthalt. Interessierte können dieses beim Konsulat oder bei der Japanischen Botschaft beantragen. Die Teilnahme an diesem speziellen Programm ist nur einmal im Leben möglich.
Sowohl seitens der Bundesrepublik Deutschland als auch von Japan werden sehr viele Bildungs-, Forschungs- und Austauschprogramme angeboten, die nicht nur Graduierten, Promovierten, Wissenschaftlern, Studenten und Habilitanten hervorragende Chancen bieten, sondern auch Schüler und Jugendliche berücksichtigen. Des Weiteren arbeiten Deutschland und Japan auch auf jugendpolitischer Ebene eng zusammen. Darunter fällt zum Beispiel die Umsetzung eines bilateralen Studienprogrammes für Fachkräfte, die in der Jugendarbeit tätig sind. Auch im Rahmen des internationalen Jugendaustauschs besteht für Schüler und Jugendliche die Möglichkeit, mit dem Rucksack nach Japan zu reisen und in einer Gastfamilie untergebracht zu werden. Die Schüler erhalten somit die Gelegenheit, die japanische Kultur sehr intensiv zu erleben und auch eine japanische Schule zu besuchen. Bei den Jugendlichen sehr beliebt ist auch der Deutsch-Japanische Sportjugend Simultanaustausch, bei dem die teilnehmenden Schüler im jeweils anderen Land ein sehr interessantes Programm erwartet. Für viele junge Deutsche ist es ein unvergessliches und auch sehr prägendes Erlebnis, mit dem Rucksack in ein bislang völlig unbekanntes Land zu reisen und mit zahlreichen neuen Eindrücken in das Heimatland zurückzukehren.